1.標準結構的變化 ，采用HSL高級結構，與ISO9001保持一致，便于整合； FSMS系統模型的變化（體系的PDCA和食品安全計劃的PDCA）；

2.FSMS管理原則的變化，強調質量管理7大原則同樣適用；

3.術語的變化，比舊版新增28個術語；對CCP、OPRP和PRP之間的區別作了明確的描述；

4.明確了前提方案的引用標準：ISO/TS22002族標準；

5.強調基于風險的思維方法，加強組織層面的風險和運行層面的風險管理?增加理解組織環境；增加理解相關方的要求；?增加風險和機遇的應對措施；

6.強調高層領導力和食品安全文化；

7.強調食品安全目標可實現性；

8.工作環境強調人為因素和物理因素；

9.增加對外部開發的FSMS要素的控制；

10.強調對外部提供過程、產品和服務的控制；

11.強調對追溯系統的有效性進行驗證；

12.強調對應急準備和響應程序的測試；

13.原料、輔料和產品接觸材料描述中增加“來源”一項；

14.增加對加工環境的描述；

15. OPRP和HACCP均屬于危害控制計劃，對建立OPRP的描述更具體；

16.強調是針對PRPs和危害控制計劃的驗證；

17.產品撤回改為產品撤回/召回；

18.管理評審輸入新增內容。